TODO

Basic standards:
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 * Don't use C++ comments //
 * Make sure warnings are eliminated even in beta code.
   This can be done with suitable #ifdef FEATURE_ABC macros,
   where the line #define FEATURE_ABC is commented out.


TODOs
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 * Use ParMETIS to partition initial cmesh

 * Lassen wir Unterschiede im Level zwischen benachbarten eclasses zu?
   z.Bsp. zwischen Quads/Triangles oder Hexes/Prisms? 
   Wenn ja, wie gehen wir damit um, wenn z.Bsp. Nachbarn berechnet werden und
   dies nicht geht, da das Level des aktuellen Elementes hoeher ist als das
   Maxlevel der Nachbar-eclass?
    -> forest hat ein maxlevel
    * Dieses maxlevel muss auch die niederdimensionalen maxlevels mit
      einbeziehen!

Für die Berechnungen auf Juqueen:

Der Plan ist skalierungstest der cmesh_partition Funktion zu machen.
Wir haben dafür das Bunny mesh in einer Version mit 495k Tets.
Und das box mesh von p4est mit 1000 Tets.

Wir können zwar im Moment ein Tetgen Gitter direkt beim Lesen partitionieren,
laden dazu aber trotzdem das gesamte Gitter in den Stash, deshalb wollen wir 
die cmesh_refine Funktion haben, die uns ein partitioniertes cmesh in_place 
verfeinert.

Wie sollen die Testcases aussehen?

Mesh uniform partitioniert laden -> Mesh nach bestimmter Regel partitionieren (z.Bsp. halbe Prozessorlast auf den naechsten Nachbarn schicken)
	|
	v
Ursprungsmesh in-place verfeinern -> Mesh nach Regel partitionieren
	
usw.

Tetgen nummeriert die Bäume allerdings in einem wie zufällig aussehenden Muster,
damit aber die Bilder die wir herauskriegen schon nach sinnvollen Partitionen
aussehen, wollen wir das Grobgitter vorher mit (par)METIS umsortieren.

Ideal wäre natürlich ein partitioniertes mesh mit parMETIS umzusortieren, ich halte es aber für nicht realistisch, dass wir das bis Ende des Monats haben.
Ich hatte vor einem halben Jahr schon die Funktion cmesh_reorder geschrieben, welche ein
Repliziertes cmesh mit METIS umsortiert. Allerdings hat sich seitdem viel getan und 
die Funktion muss noch etwas angepasst werden, siehe TODO unten.

Der Workflow wäre dann:

cmesh repliziert aus Tetgen laden -> cmesh mit METIS umsortieren 
a) -> cmesh partitionieren und wie oben Verfahren
b) -> cmesh als Tetgen file ausschreiben, damit wir uns den METIS Schritt beim nächsten Mal sparen können.


TODO für METIS:

- Die Funktion cmesh_reorder sollte ein repliziertes cmesh mit METIS (nicht ParMETIS) so umsortieren, dass eine Partition mit mpisize vielen Prozessen optimal ist.
- cmesh_reorder funktioniert schon insoweit, dass es jedem Baum eine neue tree-id zuweist und die neuen treeids in den Nachbarn setzt.
- Aber es ordnet die Baeume im trees array nicht um:
	Vorher:	Baum 0, Baum 1, Baum 2, ...
	Nachher: Baum 4, Baum 3, Baum 7, ...
  Stattdessen muesste auch nachher die Ordnung im trees array wieder aufsteigend sein. Baum 0, Baum 1, Baum 2,... Nur dass ebene die Baumdaten jetzt andere sind.
  Einfache Loesung: Nachdem die Baueme umnummeriert wurden und die face connection umgesetzt, tausche jeden Baum an die richtige Position.
  ! Dabei muessen auch die face_neighbor, tree_to_face und attribute Eintraege an die richtige Stelle getauscht werden. Die entsprechenden offsets werden dann von dem Baum uebernommen, mit dem wir getaucht haben. !
  Die genaue Dokumentation dieser Eintraege steht in t8_cmesh_trees.h
  Wichtige Funktion: 
	t8_ctree_t          t8_cmesh_trees_get_tree_ext (t8_cmesh_trees_t trees,
                                                 t8_locidx_t tree_id,
                                                 t8_locidx_t ** face_neigh,
                                                 int8_t ** ttf);
  liefert zu einer lokalen Baumid sowohl den Baum, als auch sein face_neighbor und tree_to_face Array.
  In t8_cmesh_trees.h sind auch Makros definert, die den Zugriff auf die Attribute eines Baumes ermoeglichen.
  Achtung: Ein Baum "zeigt" (via offset) nicht direkt auf seine Attribute sondern
	   auf ein Array von t8_attribute_info_struct_t, welche wiederum alles Noetigen 
	   Infos zu den einzelnen Attributen haben und auf sie "zeigen".
 
TODO für repliziertes cmesh partitionieren: sieh workflow

TODO für cmesh_refine: 
- setze face_neighbors in cmesh_refine_ghost richtig. Eigentlich 
     ist das ein Aufruf von t8_cmesh_refine_new_neighbors, nur dass wir kein locidx sondern
     ein gloidx array eingeben müssen. Funktion komplett zu kopieren wäre unelegant.
- Berechne neue Nachbarn für Tets in t8_cmesh_refine_new_neighbors. Die Formeln
  für die äußeren Nachbarn (Bey child id 0,1,2,3) habe ich schon auf Papier
  aufgearbeitet und werde ein Foto hochladen.